一、選種
　　種子的選擇非常重要，水稻種子直接關系著水稻后期的生長、管理、病蟲害等問題的預防和抵抗甚至直接影響水稻的產量，因此，選種是水稻種植的關鍵步驟。而對于有機水稻的種子，要選擇抗逆性好(主要是抗病蟲危害)、分蘗力強、偏大穗、富營養、商品性好、優質米并且適宜旱育苗、超稀植栽培模式的優良品種，發芽率在95%以上，純、凈度99%以上，不能越區種植，保障霜前5～7天充分成熟，做到早中晚水稻的合理搭配，充分發揮種子的“種盡其用，地盡其利”的作用。

　　二、播種與插秧
　　播種前先把選好的水稻種子進行晾曬1-2天，之后用1%的石灰水浸泡2—3天，之后再對種子進行催芽播種。這樣做能夠預防水稻惡苗病、干尖線蟲病等水稻常見病，有利于病蟲害的防治。
　　水稻種子出現白白的小芽以后就可以進行播種了。播種時，氣溫對播種的質量和育苗非常重要。一般是當氣溫穩定在5℃時進行播種為適宜。育苗采用中大苗育秧方式，秧齡掌握在30天左右，水稻秧苗在5—7葉并且氣溫穩定在13℃時為插秧的好時機。
　　開始插秧時，應采取超稀植的插秧方式，盡量做到邊起秧、邊插秧，淺插，插直、插勻、插稀，合理密植，發現缺苗斷空地方，進行移苗補栽，以保障苗全苗齊苗勻苗壯。
在進行插秧時，應合理密植。株距過寬會浪費土地，株距過窄會影響秧苗的發秧，后期容易倒伏而影響產量、浪費秧苗。合適的株距應保持為0.11×0.25米，大概每畝密度2.0～2.2萬穴，其中雜交稻每穴栽插3～4株，每畝基本苗6～7萬;常規稻每穴栽插6～7株，每畝基本苗12萬左右。

　　三、施肥

　　施肥可以說貫穿水稻的成長的全過程。而對于有機水稻的栽培來說，肥料的選擇和施肥的時間等保障水稻有機質的重要的一個方面。因此，有機水稻的種植只能施用有機肥，而不能施用一般的化肥。有機肥主要有餅肥、雞糞(必須腐熟、發酵)等。
　　施肥應該在插秧之前進行，叫做基肥。在插秧之前、土地耕翻時進行，每畝可施2000公斤發酵好的雞糞，施入均勻，不能積堆，以免燒苗;而對于苗床地可結合整地及時施好有機肥1～2噸/畝和腐熟餅肥50公斤/畝作基肥。播后在秧板上覆蓋商品有機肥2噸/畝，以保濕、保溫、防露籽、防雀害，提高成秧率;水稻秧苗期使用腐熟餅肥50公斤/畝，促分蘗早生;在水稻生長期施用腐熟餅肥100～200公斤/畝，其中雜交稻以蘗分肥為主，常規稻前后期各占50%。注意，在水稻的整個種植過程中不能施化肥，并且施底肥要質優量足，追肥要少吃多餐，同時根據地力、長勢和底肥多少，合理追肥，主要追好分蘗肥、調節肥、穗、粒肥，保障供應水稻生育期對營養元素的需要。

　　四、灌溉
　　有機水稻是喜水性糧食作物，合理灌溉對水稻的成長具有非比尋常的作用。種有機水稻一定選擇水源條件好的地塊，絕不能渴水，而對于有機水稻的灌溉必須采取潔水灌溉，絕不能用生活污水，工業用水灌田，也不能用井水灌溉，實在沒法用井水灌溉的，要設曬水池，提高水溫，同時應做到單排單灌，在水層管理上，以淺為主，以水增溫，以水促控，以氣養根，以根保葉，活稈成熟。
　　具體的灌水方法是：水稻移栽至返青分蘗初期深水灌溉，水層5厘米左右，嚴防脫水，返青后2～3公分水層，有效分蘗前以淺為主，提高地、水溫，促進分蘗，有效分蘗結束時，對生長繁茂地塊，立即排水曬田，7～10天，控制無效分蘗，曬田程度達到田面發白，地面有裂紋，池面見白根，葉色退淡挺直，促進根系發育。排水曬田后，采取干、濕、干的間歇灌溉，以根保葉，養根保蘗。后期如遇到夜間氣溫低于17℃以下，采取深水護胎，水層15公分左右，這是防御障礙型低溫冷害的有效措施。孕穗期淺水勤灌;抽穗后淺水灌溉;到了黃熟期應停止澆水。通過科學有效的水漿管理，促進水稻早分、早封行，達到以水控草、以水促苗、以苗壓草和以水調肥的目的。

　　五、除草
　　有機水稻的除草，因為不能噴灑農藥，需要運用其他的除草方法。具體來說，有機水稻種植的除草除了常見的人工拔草外，還有以下幾種較為可行的方法。